Humani papiloma virus predstavlja ozbiljnu prijetnju. Dijagnostika je neophodna kako bi se utvrdio soj infekcije i rizik od njezine onkogenosti. Takve informacije nam omogućuju da formuliramo najprikladniji i najučinkovitiji plan liječenja.
Dijagnostika klamidije pomoću PCR-a najosjetljivija je i najspecifičnija metoda od svih koje se trenutno koriste u laboratorijima. Osjetljivost metode je 95-97%, a specifičnost 95-98%.
Mikoplazme se smatraju oportunističkim patogenima. One perzistiraju i parazitiraju na membranama epitelnih stanica te se mogu lokalizirati i ekstra- i intracelularno.
PCR omogućuje izravno utvrđivanje prisutnosti gonokokne DNA i kvantitativno izražavanje njihove koncentracije u proučavanom materijalu. Proučavani materijal može biti sputum, tekućina za ispiranje, urin, punkti iz različitih organa i cista itd.
Dijagnostička osjetljivost PCR-a za detekciju Helicobacter pylori u biopsijama želučane sluznice je 88-95,4%, specifičnost je 100%; u koproflatatima - 61,4-93,7% odnosno 100%.
Za razliku od seroloških metoda za dijagnosticiranje tuberkulozne infekcije, koje otkrivaju antitijela na Mycobacterium tuberculosis, PCR omogućuje izravno otkrivanje DNA Mycobacterium tuberculosis i kvantitativno izražavanje njihove koncentracije u ispitivanom materijalu.
Nedavno se za dijagnosticiranje herpes infekcije koristi detekcija DNA HSV 1 i 2 u materijalu iz vezikula i ulkusa kože ili sluznica (uključujući konjunktivu oka) pomoću PCR metode (vrlo osjetljiva, specifična i brza dijagnostička metoda).
Detekcija virusa u krvi pacijenta pomoću PCR-a koristi se za dijagnosticiranje infekcije citomegalovirusom i praćenje učinkovitosti antivirusnog liječenja.
Izravno kvantitativno određivanje HIV RNA PCR-om omogućuje točnije predviđanje brzine napredovanja bolesti kod HIV-om zaraženih osoba nego određivanje broja CD4+ stanica, a time i točniju procjenu njihovog preživljavanja. Visok broj virusnih čestica obično je povezan s teškim oštećenjem imunološkog sustava i niskim brojem CD4+ stanica.