Određivanje antitijela na mikrosomalnu frakciju štitnjače koristi se za dijagnosticiranje autoimunog tireoiditisa i hipotireoze, kod kojih se povećava razina antitijela u krvi. Antitijela na mikrosome štitnjače tvore imunološke komplekse na površini stanica, aktiviraju komplement i citotoksične limfocite, što dovodi do uništavanja stanica i stvaranja upalnog procesa u štitnjači.