Krpeljni encefalitis uzrokuje flavivirus koji prenose iksodidni krpelji, a opisani su i slučajevi infekcije svježim mlijekom. Nakon 10-dnevnog inkubacijskog razdoblja, manifestira se kao katar, vrućica, glavobolja, bolovi u zglobovima i lezije središnjeg živčanog sustava (encefalitis - 30%, meningitis - 60%, meningoencefalitis - 10%). Cijepljenje protiv krpeljnog encefalitisa u endemskim područjima dovelo je do smanjenja incidencije.