Uzročnik virusnog encefalitisa koji prenose krpelji pripada rodu flavivirusa. Virion je sferičan, promjera 40-50 nm, sadrži RNA i dobro se razmnožava u mnogim kulturama tkiva. Od laboratorijskih životinja, bijeli miševi, hrčci, majmuni i pamučni štakori najosjetljiviji su na virus. Mnoge domaće životinje također su osjetljive na virus krpeljnog encefalitisa.