Najčešće pseudomembranski kolitis razvija pod utjecajem duljeg korištenja antibiotike ampicilin, linkomicin, klinda-mitsina, cefalosporina, barem - penicilin, eritromicin, tetraciklin, kloramfenikol. Clostridium difficile - spore stvaraju gram-pozitivne anaerobni bacil, koji je u stanju proizvesti dvije vrste egzotoksini toksin A i toksin B. Postoje četiri glavna razloga za razvoj pseudomembranskog kolitisa povezanog s C. Difficile.