Utvrđivanje uzročnika je presudno za potvrdu dijagnoze pneumocistoze. Osnovni materijal za studiju - sputum, bronhijalni izlučevine, ispiranjem dobivene ispiranjem bronhije i ispiranjem bronhoalveolara, odresci pluća tkiva uzeti transbronchial, perkutana ili otvorenog biopsije. Najčešće, zbog teškog stanja pacijenta, ove manipulacije se ne provode kako bi se izbjegle komplikacije.